中国智能交通协会的最高权力机构是会员代表大会，理事会是会员代表大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间，理事会领导协会开展日常工作，对会员代表大会负责。理事会设立常务理事会，在理事会闭会期间常务理事会对理事会负责。

秘书处是协会日常办事机构，下设办公室、业务发展部、会员服务部、咨询研究部、国际合作部。其中办公室负责行政业务、财务管理、人事管理、会员会籍管理、会员入退会手续、会员信息更新等。业务发展部负责重大活动组织、策划、运作、协调、实施工作，定期组织技术研讨会、行业交流及相关业务工作，负责中国智能交通协会科学技术奖的组织、评审、奖励工作等。会员服务部负责协会会刊，会同有关部室负责审核以协会名义或与协会合作出版的各类书籍、刊物，负责与协会合作媒体的工作联系，稿件传递和其他有关事项等，负责开展行业科技成果转化等工作。咨询研究部负责为政府有关部门、行业、社会提供咨询服务；负责国内外智能交通相关数据信息的收集、整理、分析，以及统计数据信息对外、对内的统一管理；负责行业团体标准的制定工作。国际合作部负责与境外相关协会或组织、境外驻华机构间的日常联系与信息交换，收集整理有关资料和信息,并提供给协会有关部门，负责涉外活动的联系、安排，办理相关手续，会同协会有关部室开展行业对外合作等。

协会组织架构图如下：